US-Biotech-Unternehmen Phinomics eröffnet ersten internationalen Standort in Berlin
Aus dem Silicon Valley nach Berlin: Das US-amerikanische Biotechnologie-Unternehmen Phinomics baut eine Präsenz in Europa auf und hat Berlin als Standort gewählt. Das Spin-out der Standford University hat seinen ersten internationalen Standort im Bayer Co-Lab eröffnet. Von Berlin aus will das Unternehmen laut eigenen Angaben gemeinsam mit Forschungseinrichtungen, Organisationen aus dem Gesundheitswesen und Pharmaunternehmen daran arbeiten, Erkenntnisse aus seinen Computermodellen klinisch zu validieren. Das Bayer Co.Lab in Berlin sei dafür der perfekte Standort, denn dort entsteht ein enges Netzwerk mit der Charité – Universitätsmedizin Berlin, dem Berlin Institute of Health (BIH), dem Max-Delbrück-Centrum sowie künftig den Riverside Labs und dem Berliner Zentrum für Gen- und Zelltherapien. Die Auswahl des Bayer Co.Lab erfolgte laut Phinomics in einem anspruchsvollen Auswahlverfahren, Berlin Partner unterstützte die Ansiedlung seit 2024.
Phinomics konzentriert sich in seiner Arbeit auf extrachromosomale zirkuläre DNA – kurz eccDNA. Dabei handelt es sich um kleine, ringförmige DNA-Moleküle, die außerhalb der Chromosomen im Zellkern vorkommen. Die Forschung der vergangenen Jahre deutet darauf hin, dass diese eccDNA bei der Entstehung von Krebs und Therapieresistenzen eine wichtige Rolle spielen könnte. Sie könne unter anderem krebsfördernde Gene (Onkogene) tragen und sich unabhängig vom normalen Chromosomensatz vervielfältigen. Da diese DNA-Ringe bei der Zellteilung ungleichmäßig verteilt werden, entstehen innerhalb eines Tumors ständig neue Zellpopulationen mit unterschiedlichen genetischen Eigenschaften. Bisher wird das bei vielen Sequenzierungsverfahren noch nicht berücksichtigt. Laut Phinomics wird eccDNA mit mindestens der Hälfte aller Krebserkrankungen in Verbindung gebracht. Ihre systematische Analyse sei allerdings lange durch technische Hürden erschwert worden. Dazu zählen die Isolierung der DNA-Ringe, die Unterscheidung relevanter Signale vom Hintergrundrauschen bei der Sequenzierung sowie in der bioinformatischen Auswertung.
Hier setzt die Plattform des Unternehmens an. Phinomics hat ein Verfahren zur direkten Isolierung von eccDNA entwickelt, mit dem sich diese mit einer rund 100-fach höheren Sensitivität und Auflösung als mit herkömmlichen Methoden erfassen lässt, so das Unternehmen. Die so gewonnenen Daten werden mit weiteren molekularen Ebenen derselben Patientenprobe zusammengeführt. Dazu gehören genomische, transkriptomische, epigenetische und proteomische Informationen aus Tumorgewebe und passendem gesundem Vergleichsgewebe.
Daraus entsteht ein Multi-Omics-Datensatz, den erklärbare KI-Modelle analysieren. So sollen Zusammenhänge zwischen genetischen Veränderungen, molekularen Signalwegen und Krankheitsverläufen sichtbar gemacht werden. Das Ziel ist, neue Angriffspunkte für Medikamente, bislang schwer erkennbare Resistenzmechanismen sowie Biomarker für eine bessere Auswahl von geeigneten Patientinnen und Patienten zu identifizieren. Sollte sich der Ansatz von Phinomics klinisch bewähren, könnte eccDNA künftig bereits in der frühen Wirkstoffentwicklung berücksichtigt werden.
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